Drugi sezon badawczy na Agorze Pafos odbył się między 17 sierpnia a 28 września 2012 r. Celem pierwszego tygodnia było przede wszystkim zakończenie wstępnego dokumentowania i opracowania zabytków odkrytych we wcześniejszym sezonie. Następnie ruszyły prace wykopaliskowe, które trwały przez pełne cztery tygodnie, zaś ostatnie dni poświęcone były końcowemu opracowaniu zabytków odkrytych w bieżącym sezonie i zabezpieczeniu pozostałości architektonicznych w terenie oraz materiału w magazynie ekspedycji.
Prace wykopaliskowe kontynuowane były zarówno na pierwszym, jak i drugim odcinku. Celem badań na Wykopie I usytuowanym pośrodku Agory rzymskiej było ustalenie chronologii i wyjaśnienie funkcji struktur odkrytych w poprzednim sezonie. Wykazały one, że struktura uznana wcześniej wstępnie za cysternę tak na prawdę powinna zostać zaklasyfikowana jako studnia, miała głębokość ok. 4,5 m. Górna część była zablokowana dużymi blokami kamiennymi, zaś pod nimi znajdowało się jednolite wypełnisko stanowiące zamknięty kontekst. Odkryta pośród ziemi i kamieni ceramika pozwoliła wstępnie datować całość na wczesny okres rzymski, przed połową II wieku n.e.
Wykop II usytuowany przy wschodnim stylobacie portyku Agory rzymskiej został rozszerzony w kierunkach północnym, wschodnim i południowym. Teren ten był używany przez długi okres: najwcześniejszą strukturą w jego południowej części był kanał wykonany z kamiennych płyt przebiegający w kierunku północ-południe, odkryty w pomieszczeniu 5. Przypuszczalnie może być on datowany już na okres hellenistyczny. Później został on zniszczony przez budowę muru odkrytego w 2011 roku, należącego być może do stylobatu innego portyku (lub innego kanału), biegnącego z zachodu na wschód. Podobnie wczesne pozostałości zostały odkryte w pomieszczeniu 10, gdzie eksploracja dotarła do skały macierzystej. Najniższe warstwy zawierały czysty materiał hellenistyczny (głównie ceramikę), a także pozostałości struktur użytkowanych w okresie hellenistycznym.
Liczba pomieszczeń z okresu rzymskiego odsłoniętych na wschód od portyku Agory rzymskiej urosła z pięciu odkrytych w 2011 roku do dwunastu. Większość z nich użytkowana była zapewne jako sklepy (tabernae) we wczesnym okresie rzymskim, zaś później uległy zniszczeniu najprawdopodobniej na skutek trzęsienia ziemi. Poniżej zawalonej ściany pomieszczenia 1 znaleziony został brązowy dzbanek, zaś na podłodze roztrzaskane ceramiczne naczynia, a wśród nich zachowane w bardzo dobrym stanie mortarium (wielka misa) z dwoma pieczęciami producenta i graffiti zawierającym imię właściciela. Potężny kanał rozciągający się ze wschodu na zachód, odkryty pod innymi pomieszczeniami z tego okresu może być równoczasowy z podbudową wschodniego stylobatu.
Podobnie jak w poprzednim roku i ten sezon prac dostarczył ogromną ilość znalezisk, wśród których znajduje się ceramika w różnych kategoriach: ceramika stołowa, naczynia gospodarcze, ceramika kuchenna, amfory transportowe i naczynia zasobowe. Znaleziska datowane są od okresu hellenistycznego, przez wczesny i późny okres rzymski, aż po czasy bizantyjskie. Najbardziej spektakularnymi zabytkami są złoty kolczyk (lub zawieszka) zakończony blaszką w kształcie liścia bluszczu, brązowe naczynia takie, jak wspomniany dzbanek czy też chochelka z żelaznym uchwytem, brązowy pierścionek, znaczna ilość monet, gwoździe i wiele więcej. Godnym uwagi jest także odważnik ołowiany wspominający urzędnika kontrolujące działanie agory - agoranoma, imieniem Seleukos, syna Iouliosa Bathylosa.
